Bezpośredni poprzednik Deep Blue, komputer o nazwie Deep Thought, został zbudowany przez IBM w roku 1988. W swej wersji podstawowej zawierał 250 układów scalonych i dwa procesory umieszczone na jednej płycie głównej. Był zdolny do oceny 750 tysięcy pozycji w ciągu sekundy: do przeanalizowania możliwości gry na 10 ruchów do przodu. Odpowiadało to sile gry, ocenianej na 2450 punktów, co lokalizowało maszynę wśród słabszych arcymistrzów międzynarodowych. Już w roku swego powstania Deep Thought zadziwił światek szachowy, wygrywając faktycznie na rzeczywistym turnieju z jednym z arcymistrzów; był pierwszą maszyną w dziejach, która osiągnęła taki wynik.

Historia nabrała tempa, gdy do zespołu IBM dołączyli w roku 1989 Hsu i jego kolega ze studiów, Murray Campbell. Powstały wtedy zespół: Hsu, Campbell, Joe Hoane, Jerry Brody i C. J. Tan szybko pojął, że Shannon miał całkowitą rację, że najbardziej klasycznym i najbardziej przemawiającym do wyobraźni tego rodzaju zagadnieniem jest właśnie gra w szachy. Pokonanie najlepszego na świecie człowieka-szachisty stało się właściwie od razu głównym celem.

W październiku 1989 roku eksperymentalna sześcioprocesorowa wersja Deep Thought, zdolna już do oszacowania dwóch milionów pozycji w ciągu sekundy, stanęła do pokazowego meczu (miał on składać się z dwóch gier) z samym Kasparowem; została wówczas sromotnie pobita.

W nowojorskiej Akademii Sztuk Pięknych doszło do pasjonującego pojedynku między mistrzem świa­ta Kasparowem i championem komputerów Deep Thought. Obaj przeciwnicy otrzymali po półtorej godziny na rozegranie jednej partii.

Po meczu Kasparow powiedział: "Szachy są czymś więcej niż tylko wyliczaniem wariantów i logiki. Szachy wymagają fantazji i wyobraźni. Obie partie różniły się między sobą. W pierwszej grałem solidnie i wygrałem z programem w stylu pozycyjnym. W drugiej natomiast już od pier­wszych posunięć zdecydowałem się na komplika­cje i wygrałem w stylu kombinacyjnym. Wydawało mi się, że wszyscy zebrani kibicowali człowiekowi i to dało mi możność dużej koncen­tracji i wielką chęć rozgromienia maszyny. Jestem zawsze gotów wystąpić w meczu z komputerem aby dokazać wyższości mózgu ludzkiego”.

W cztery lata później (1993) Deep Thought pokonał jednak Judit Polgar, najmłodszą szachistkę w dziejach, mającą tytuł arcymistrza i najwyższy notowany kiedykolwiek ranking[1] szachowy wśród kobiet. W roku 1994 komputer umiał już badać dwa do trzech milionów pozycji w ciągu sekundy.

W ciągu następnych kilku lat zespół stworzył procesor wyspecjalizowany w grze w szachy, który był zdolny do przeanalizowania i oceny w ciągu sekundy 2-3 tysięcy pozycji na szachownicy. Pozostało połączyć ten układ z techniką PowerParallel SP, aby uzyskać niesłychane wręcz wzmocnienie „możliwości intelektualnych” elektronicznego gracza. Tak powstał Deep Blue.